Over het al of niet wetenschappelijk karakter van de huisartsengeneeskunde is al heel wat inkt gevloeid. Veel heeft te maken met hoe de definitie van wetenschap luidt, maar meer mischien nog met de wijze waarop elke huisarts afzonderlijk met zijn vak omgaat. De discussie omtrent wetenschappelijkheid stuit meestal op de tegenstelling tussen positieve of exacte wetenschappen, zoals natuurkunde, scheikunde, en (binnen de biomedische wetenschappen) biologie enerzijds en de humane of toegepaste wetenschappen zoals geneeskunde en in het bijzonder huisartsengeneeskunde anderzijds.